2029년 10월 이후에 집을 팔 계획이라면, 지금 계산해 둔 양도소득세 금액은 그대로 맞지 않습니다. 정부가 2026년 8월 3일 발표하고 9월 1일 국무회의에서 일부 수정한 세제개편안에 따르면, 주택 장기보유특별공제가 2028년부터 ‘거주 중심’으로 바뀌고 2029년부터는 보유기간에 대한 공제가 완전히 사라집니다. 오래 갖고만 있었던 집은 세금 계산에서 더 이상 유리하지 않다는 뜻입니다.
이 글은 개편안이 원안대로 국회를 통과한다는 전제에서, 매도 시점별로 공제율이 어떻게 달라지는지 숫자로 비교해 봅니다. 보유 10년·거주 2년인 1세대 1주택 20억원 아파트를 2029년 10월에 파는 경우를 기준으로 삼았습니다. 개정 내용은 국회 통과 과정에서 또 바뀔 수 있으니, 실제 매도 전에는 반드시 최종 확정 법령을 확인해야 합니다.
장기보유특별공제, 무엇이 바뀌나
현재 1세대 1주택자는 보유기간 1년당 4%(최대 40%)와 거주기간 1년당 4%(최대 40%)를 합쳐 최대 80%까지 공제받습니다. 10년 보유하고 10년 거주하면 양도차익의 80%가 과세에서 빠집니다.
개편안은 이 두 축을 하나로 합칩니다. 2028년에는 보유 연 2%(최대 20%)와 거주 연 6%(최대 60%)로 조정하고, 2029년부터는 거주 연 8%(최대 80%)만 남깁니다. 최대 80%라는 숫자는 그대로지만, 그 80%에 도달하는 방법이 ‘오래 보유’에서 ‘오래 거주’로 완전히 교체됩니다. 명칭도 주택은 ‘장기거주소득공제’, 상가·토지 등 주택 외 자산은 ‘장기보유소득공제’로 나뉩니다.
매도 시점별 공제율, 숫자로 비교
보유기간 10년, 거주기간 2년인 1세대 1주택자를 기준으로 계산하면 다음과 같습니다.
| 매도 시점 | 보유 공제 | 거주 공제 | 합계 공제율 |
|---|---|---|---|
| 2026년 (현행) | 10년 × 4% = 40% | 2년 × 4% = 8% | 48% |
| 2027년 (현행 유지) | 10년 × 4% = 40% | 2년 × 4% = 8% | 48% |
| 2028년 (과도기) | 10년 × 2% = 20% | 2년 × 6% = 12% | 32% |
| 2029년 이후 | 폐지 | 2년 × 8% = 16% | 16% |
2027년까지는 48%였던 공제율이 2028년 32%, 2029년 16%로 3년 만에 3분의 1 수준이 됩니다. 공제율이 32%포인트 줄면 과세대상 양도차익이 그만큼 늘어나고, 누진세율 구조에서는 세액 차이가 공제율 차이보다 훨씬 크게 벌어집니다.
왜 2026년 5월부터 기준이 달라졌나
개편 논의가 빨라진 배경에는 중과 유예 종료가 있습니다. 다주택자 양도소득세 중과 유예는 2026년 5월 9일 끝났고, 5월 10일 이후 조정대상지역 다주택 주택을 양도하면 기본세율에 20~30%포인트가 더해지며 장기보유특별공제도 적용되지 않습니다. 여기에 8월 3일 개편안이 더해지면서, 같은 아파트라도 보유 형태와 매도 시점에 따라 세 부담 격차가 한층 벌어졌습니다.
정부가 밝힌 방향은 과세 정상화입니다. 집을 오래 보유한 사실보다 실제로 거주한 기간에 혜택을 주겠다는 것이고, 양도세와 보유세를 같은 축으로 맞추겠다는 것입니다. 그래서 종합부동산세 1세대 1주택자 세액공제도 보유기간 공제에서 거주기간 공제로 옮겨가고, 실거주 1주택 기본공제는 12억원에서 14억원으로 오릅니다. 반대로 고가 주택과 비거주 주택은 공정시장가액비율 인상과 세율 조정으로 부담이 커집니다.
2029년 10월 매도 사례: 20억원 아파트
12억원에 취득한 아파트를 20억원에 파는 경우를 가정합니다. 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택이므로, 전체 양도차익 8억원 중 12억원 초과분에 해당하는 금액만 과세대상이 됩니다.
과세대상 양도차익은 8억원 × (20억원 − 12억원) ÷ 20억원 = 3억 2,000만원입니다. 여기에 공제율을 적용하면, 2026년·2027년에는 1억 5,360만원이 공제되고, 2028년에는 1억 240만원, 2029년 이후에는 5,120만원으로 줄어듭니다. 같은 집, 같은 가격인데 매도 연도에 따라 공제액이 1억원 이상 차이 납니다.
여기에 2028년부터는 공제금액 자체에 한도가 붙습니다. 인별·양도물건별로 2028년 양도분은 20억원, 2029년 양도분부터는 10억원입니다. 이 사례처럼 공제액이 10억원을 밑돌면 한도에 걸리지 않지만, 강남권 고가 아파트나 30년 이상 보유한 단독주택처럼 양도차익이 큰 물건은 한도에 직접 걸립니다. 한도가 생기기 전에는 사실상 무제한이었던 점을 감안하면, 초고가 주택 보유자에게는 공제율 축소보다 한도 신설이 더 큰 변수입니다.
대신 늘어난 혜택, 기본공제 2,500만원
개편안에는 공제 축소만 있는 것이 아닙니다. 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 10년 이상 거주하고 양도가액 30억원 이하인 1세대 1주택은 양도소득 기본공제가 연 250만원에서 2,500만원으로 10배 늘어납니다. 실거주한 1주택자의 부담은 오히려 줄어들 수 있다는 뜻입니다.
65세 이상이 5년 이상 계속 거주한 수도권 1주택을 양도하고 6개월 안에 비수도권으로 이주하면, 2027년에는 양도세의 50%(5억원 한도), 2028년에는 30%(3억원 한도)를 감면받는 고령자 특례도 신설됩니다. 다만 양도 후 5년 안에 수도권 주택을 다시 사거나 수도권으로 돌아오면 감면받은 세액은 추징됩니다.
같은 8억원 양도차익, 세액은 얼마나 달라지나
앞의 사례를 조금 더 구체적으로 따라가 보겠습니다. 12억원에 취득해 20억원에 양도하고, 보유 10년·거주 2년인 1세대 1주택입니다. 과세대상 양도차익 3억 2,000만원에 공제를 적용한 뒤 기본공제를 반영합니다.
| 구분 | 2027년 매도 | 2029년 매도 |
|---|---|---|
| 과세대상 양도차익 | 3억 2,000만원 | 3억 2,000만원 |
| 장기보유특별공제율 | 48% | 16% |
| 공제액 | 1억 5,360만원 | 5,120만원 |
| 공제 후 금액 | 1억 6,640만원 | 2억 6,880만원 |
| 적용 기본공제 | 250만원 | 250만원 |
공제 후 금액만 보면 1억원 넘게 차이 납니다. 여기에 기본공제 2,500만원 특례가 겹치면 격차는 더 벌어집니다. 다만 이 특례는 10년 이상 거주한 1세대 1주택이 대상이므로, 거주 2년인 이 사례에는 적용되지 않습니다. 본인 거주기간이 요건을 채우는지부터 확인해야 하는 이유입니다.
세율은 과세표준 구간에 따라 6%에서 45%까지 누진으로 적용되고 지방소득세 10%가 별도로 붙습니다. 정확한 세액은 취득가액, 필요경비, 조정대상지역 여부, 보유 주택 수에 따라 달라지므로 국세청 홈택스의 양도소득세 예상세액 계산이나 세무 상담으로 확인하는 편이 안전합니다.
흔한 착각 세 가지
첫째, 공제율 80%가 그대로라는 점만 보는 경우입니다. 80% 상한은 유지되지만 2029년 이후에는 10년 이상 실제로 거주해야 80%에 도달합니다. 보유 15년·거주 3년이면 공제율은 24%에 그칩니다. 상한 숫자보다 내 거주기간이 몇 년인지가 훨씬 중요합니다.
둘째, 2028년과 2029년을 같은 해로 보는 경우입니다. 2028년에는 보유 공제 20%와 거주 공제 60%가 함께 인정되는 과도기입니다. 같은 조건이라도 2028년 12월과 2029년 1월의 공제율이 달라지고, 공제한도도 20억원에서 10억원으로 낮아집니다. 연말 매도 계획이라면 날짜 하루 차이를 가볍게 볼 수 없습니다.
셋째, 비과세 요건만 확인하고 끝내는 경우입니다. 1세대 1주택이라도 양도가액이 12억원을 넘으면 초과분은 과세됩니다. 비과세 판단과 장기보유특별공제 계산은 별개 절차이므로, 고가주택이라면 두 가지를 함께 계산해야 실제 세액이 나옵니다.
매도 전에 준비할 서류
- 주민등록 초본(전입·전출 이력) — 거주기간 산정의 기본 자료입니다.
- 취득계약서와 잔금 영수증 — 취득가액과 취득 시점을 증명합니다.
- 자본적 지출 증빙(샤시 교체, 확장 공사 등) — 필요경비로 인정될 수 있습니다.
- 양도계약서와 잔금 내역 — 양도 시점과 양도가액을 확정합니다.
- 조정대상지역 지정 이력 — 취득 당시 지정 여부가 거주요건 판단에 영향을 줍니다.
거주기간은 주민등록상 전입일부터 전출일까지로 계산하는 것이 원칙이지만 실거주 여부가 다툼이 되는 사례도 있습니다. 매도 시점을 정하기 전에 이 서류들을 먼저 모아 두면 세무 상담도 훨씬 빨라집니다.
다주택자는 중과 완화가 2년뿐입니다
조정대상지역 다주택자 양도세 중과는 2년 이상 보유한 주택에 한해 한시적으로 완화됩니다. 2주택자는 기본세율에 2027년 5%포인트, 2028년 10%포인트가 더해지고, 3주택 이상은 2027년 10%포인트, 2028년 15%포인트가 더해집니다. 2029년부터는 다시 현행처럼 20%포인트·30%포인트 중과로 돌아갑니다.
중과 대상 주택은 애초에 장기보유특별공제를 받지 못합니다. 그래서 다주택자에게 2027~2028년은 ‘정리할 수 있는 마지막 구간’에 가깝습니다. 반대로 1세대 1주택 실거주자는 서두를 이유가 적습니다. 매도 시점 판단이 보유 주택 수에 따라 정반대로 갈리는 구조입니다.
지금 확인해야 할 세 가지
- 거주기간이 몇 년인지 — 보유기간이 아니라 실제 거주기간이 기준입니다. 주민등록 초본으로 정확한 거주 개월 수를 먼저 확인하세요.
- 양도차익이 10억원을 넘는지 — 2029년부터는 공제 한도 10억원에 걸립니다. 한도에 걸리는 물건은 공제율보다 매도 시점이 더 중요합니다.
- 국회 통과 여부 — 2026년 9월 1일 국무회의에서 확정된 정부안은 국회 심의를 거쳐야 합니다. 확정 법령과 시행령을 기준으로 다시 계산해야 합니다.
참고로 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제를 9억원으로 낮추려던 원안은 9월 1일 국무회의에서 철회되어 현행 12억원이 유지됩니다. 반면 실거주 1주택자의 기본공제는 예정대로 14억원으로 올라갑니다. 양도세와 보유세 모두 ‘얼마나 오래 살았는가’를 기준으로 재편되는 흐름은 같습니다.
자주 묻는 질문
Q. 2029년에 팔면 공제를 아예 못 받나요?
아닙니다. 거주기간에 대한 공제는 남습니다. 10년 거주했다면 2029년에도 최대 80%까지 받을 수 있습니다. 사라지는 것은 보유기간 공제뿐입니다.
Q. 2027년에 팔면 유리한가요?
공제율만 보면 2027년까지가 현행대로 유지되어 유리합니다. 다만 양도가액 30억원 이하 1세대 1주택이 10년 이상 거주했다면, 2027년부터 기본공제가 2,500만원으로 늘어나는 특례가 적용됩니다. 본인 요건에 따라 계산이 달라지므로 두 경우를 모두 계산해 보세요.
Q. 상가나 토지도 바뀌나요?
주택 외 자산은 명칭만 ‘장기보유소득공제’로 바뀌고 공제율과 적용 방식은 유지됩니다. 다만 비사업용 토지는 장기보유특별공제가 배제되고 중과세율이 인상되는 방향으로 조정됩니다.
세제개편은 발표 시점과 시행 시점 사이에 매도 계획이 흔들리기 쉬운 주제입니다. 숫자를 하나씩 대입해 보면 판단이 훨씬 단순해집니다. 함께 보면 좋은 글: 비거주 1주택 종부세 공제 12억 유지 확정, 9억 축소안 철회로 바뀌는 세 부담
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